Die Reihung zu Beginn der 2. Rennhälfte lautet Audi#7, vor den Peugeots #3, #1 und #2,  dem Audi #9, dem Signature-Aston und den beiden Rebellion Wagen #13 und #12. Bei den LMP2 führt Erdos im RML-Lola vor dem ASM-Zytek, den beiden Oak-Wagen #24 und #35 dem Strakka-HPD und dem KSM-Lola.

Bei den Formula LM bietet sich ein ungewohntes Bild. Luca Moro wird auf P1 geführt. Er profitiert dabei von Ausfällen seiner Klassenkollegen. Der DAMS-Wagen muss wegen einer defekten Lenkung aufgeben. Beim HPV-Schwesterwagen stirbt Nicolas de Crem der Motor vermutlich wegen eines Benzinpumpenproblems ab.

Capello kämpft im in Führung liegenden Audi R15+ an der Spitze gegen die aufkommenden Peugeot. Bourdais braucht nicht lange um aufzuschliessen  in der Folge entwickelt sich über mehrere Runden hinweg ein packender Zweikampf um die Führung zwischen dem Audi und dem französischen Peugeot-Piloten. Erst nach einigen Runden kann Bourdais sich durchsetzen und den Audi #7 auf den 2.Platz verweisen.

50 Minuten nach der Halbzeit rollt der KSM-Lola mit Antriebsdefekt aus. Jean de Portales bekommt den bis dato 5.plazierten Wagen nicht mehr in die Gänge - aus!

Da der FLM von Boutsen beim letzten Stopp ein wenig länger steht übernimmt der verbliebene Hope-Polevision-Wagen - die #48 ist mit einem Benzinpumpenproblem ausgefallen - die Führung. Luca Moro wird nach Absolvierung seiner Mindestdistanz aus dem Wagen beordert. Wolfgang Kaufmann übernimmt und wird sich nun um den Klassensieg mit Dominik Kraihamer im belgischen FLM duellieren.

An der Spitze hält sich 90 Minuten vor dem Ende mittlerweile Tom Kristensen zwischen den beiden Peugeot von Pagenaud und Wurz. Vanina Ickx versenkt den im 5 Gang feststeckenden Signature-Aston bei Bruxelles im Kies.

Mike Newton übernimmt in der LMP2 erneut P2, nachdem Guillaume Moreau im Oak #24 langsam um die Strecke schleicht und in die Box kommt.

Nach dem GT1-Unfall in Blanchimont wird eine weitere SC-Phase fällig. ASM wird die rote Ampel am Boxenausgang zum Verhängnis - RML übernimmt die LMP2-Führung Doch nur wenig spätr ereilt die Briten bei ihrem Stop, wo auf Andy Wallace gewechselt wird, dasselbe Missgeschick. Es beginnt unterdessen im rückwärtigen Teil der Strecke wieder zu regnen.  

Der Rebellion-Wagen #12 kommt nach la Source zum stehen. Für den Lola ist aufgrund eines überhitzten Getriebes an dieser Stelle Schluss mit dem Rennen. Das Schwesterfahrzeug plagen unterdessen elektrische Probleme, weswegen man mehrfach die Box aufsucht. Aber auch der letzte Benziner bleibt nicht ungeschoren. Am Signature-Aston bleibt der 5.Gang stecken.

Capello stoppt in der 71 Runde und kommt als 3. wieder zurück auf die Strecke. Bourdais kommt 2 Runden später zu seinem Stop.

Dann haut Nik Leventis den Strakka-HPD zum 2.mal an diesem Tag mit dem Heck voran in die Reifenstapel. Er kann nach dem Anschlag hinter  der Pif-Paf-Kurve  zwar zur Box zurückkehren, verliert jedoch einiges an Bodywork. Das Team muss nach dem 2. Unfall mit dieser Wagensektion in der Folge mangels Ersatzteilen aufgeben.

40 Minuten vor Rennende endet die SC-Phase. Pagenaud hat noch nicht gestoppt, während Kristensen seinen Stopp hinter sich hat. Als er in Runde 125 hereinkommt werden die bereitliegenden  geschnittenen Slicks jedoch nicht aufgezogen. Marc Gene fliegt in Bruxelles an P3 liegend im Peugeot in den Kies, kann aber 1 Minute später weiter fahren. Peugeot-Kollege Sarrazin übernimmt P3 von Gene. Auch für Kristensen werden nun geschnittene Slicks bereit gelegt da der Regen im hinteren Streckenabschnitt zunimmt.

Auch Pagenaud kommt 20 Minuten vor Schluss noch mal auf Les Combes kurz von der Strecke ab. Kristensen holt massiv auf. Bis zu 10s pro Runde ist der Audi schneller als Pagenaud im Peugeot, der erst wieder Tempo aufnehmen kann als die Sonne wieder herauskommt. Dadurch kommt Kristensen auf den auf trockener Strecke schnell nachlassenden geschnittenen Slicks unter Druck von Sarrazin  im drittplazierten Peugeot der 10 Minuten vor Schluss nur noch 12s zurück liegt. Sarrazin holt massiv auf und überholt in Runde 136 auf der Start-Ziel Gerade den Audi. Kurz danach rollt der Rebellion-Wagen #13 an selber Stelle ohne Vortrieb aus.

Peugeot erzielt einen Doppelsieg. Pedro Lamy und Simon Pagenaud erzielen ihren jeweils zweiten Gesamtsieg bei den 1000km von Spa während Sebastian Bourdais sich zum ersten Mal in die Siegerlisten einträgt. Das Duo Sarrazin und Montagny wird Zweite vor dem Audi von Kristensen, McNish und Capello.

In der LMP2 Klasse gewinnt ASM mit einer Runde Vorsprung vor RML und dem Oak-Pescarolo #35. Die Formular LM gewinnt Wolfgang Kaufmann mit seinen Kollegen Luca Moro und Steve Zacchia vor Dominik Kraihamers Boutsen Energy-Mannschaft und dem JMB-Wagen.