Das Qualifying zu den 6h von Fuji hat Audi mit dem Audi R18 e-tron Quattro #1 auf die Pole-Position geführt. André Lotterer und Benoit Treluyer absolvierten die Qualisession mit einer Durchschnittszeit ihrer jeweils 2 besten Runden von 1:26,577 und waren damit 0,178s schneller als der schnellste Toyota TS030 evo, der #8 Wagen von Sébastien Buemi und Anthony Davidson, die ihren Wagen damit zumindest in die Frontreihe positionierten.

In der 2. Startreihe musste sich der zweite japanische Hybrid-LMP1 nur um 1 Zehntel-Sekunde auf P3 geschlagen geben. Da Allan McNish & Loïc Duval, der am Freitag noch einen massiven Unfall mit seinem Audi R18 e-tron Quattro verbuchen musste, sich lediglich auf P4 plazierten stehen die beiden Herstellerteams somit gut gemischt in den vordersten beiden Reihen.

 In der GTE-Klasse holten Fred Makowiecki & Stefan Mücke eine erneute Bestzeit für Aston-Martin. Mit einer Durchschnittszeit von 1:38.114 war das Duo in der #97 0,477s schneller als die Teamkollegen Pedro Lamy und Ritchie Stanaway in der #99. Gimmi Bruni und Giancarlo Fisicella belegten P3, waren aber damit die einzigen Ferrari-Vertreter in der Top-Klasse da der #71 Ferrari schon den ganzen Tag an einem Triebstofzufuhrproblem laborierte und daher die Session auslassen musste. Das konnte das Manthey-Porsche Team in die Startplätze 4 und 5 ummünzen, während der Ferrari morgen vom letzten Satrtplatz aus dem Feld hinterher fahren muss.

Aston Martin konnte auch in der GTE Am die Pole mit Bruno Senna und Christoffer Nygaard auf dem Young Driver AMR-Aston Martin Vantage GTE erzielen. Dabei lieferte sich die Aston-Mannschaft ein Duell mit der Larbre Competition Corvette von Fernando Rees und Julien Canal. Dahinter positionierten Jamie Campbell-Walter und Stuart Hall ihren Vantage GTE 0.4s vor Paolo Ruberti und Christian Ried im #88 Proton Competition Porsche.

Neben Mathias Beche und Andrea Belicchi im Rebellion Racing Lola ( Durchschnittszeit 1:29.250) startet beim morgigen Rennen der #35 Oak Racing Morgan Nissan den Bertrand Baguette und Martin Plowman mit einem 1:32.938 Durchschnitt notierten von der LMP2-Pole. Das französische Team schlug den #26 G Drive Racing ORECA 03 Nissan um 0.081s. Ein Dreher von Convay in der Session hatte hier möglicherweise dem britischen Einsatzteam von ADR-Delta die bestzeit gekostet Auf P3 plazierte sich das Newcomer-Team von Gainer International, die in Fuji probehalber den Greaves Motorsport Zytek Z11SN Nissan einsetzen. Katsuyuki Hiranaka und Björn Wirdheim teilten sich hier den Wagen beim Qualifying. 

Hinter dem Polesetter in der Klasse plazierten sich ferner noch der #24 Oak-Morgan, der zweite ADR-Delta-Oreca, der KCMG-Morgan und der Pecom-Oreca innerhalb von nur 1s im Feld was für den sonntäglichen Lauf ein enges Rennen erwarten lässt.