26 Teams nehmen das Rennen am Ende auf dessen Start am Samstag um 12 Uhr erfolgt.

Peter Kox kann im Scuderia Praha Ferrari schon in der ersten Kurve die Führung vom Polesetter, dem GRT-Lamborghini von Rolf Ineichen übernehmen. Dahinter behauptet Herberth-Porsche Startfahrer Robert Renauer P3 vor Mercedes-Pilot Kenneth Heyer und dem Car Collection-Audi von Elmar Grimm. In der Porsche Cup-Klasse beharken sich sogleich die beiden meisterschaftsführenden Teams  von MSG Motorsport und MRS-Racing um die Spitze. während KTM-Entwicklungspilot Thomas Enge den in der SP2-Klasse führenden True Racing KTM an die Spitze noch vor den Ferrari F458 der slovakischen RPD Racing Mannschaft setzen kann.

Nach gut 10 Minuten muss die erste Code60 Phase des Rennens geschaltet werden. Der Car Collection Audi von Grimm stösst in seiner 5.ten Runde blaue Rauchwolken aus und rollt in Turn 4 aus. Ein Motorschaden dampft die ohnehin geringen Vizemeisterhoffungen der Audi-mannschaft weiter ein.

Parallel kommt auch der zweite der österreichischen MSG-Motorsport-Porsche - zum Glück die #63 und nicht die in der Meisterschaft führende #62  - mit einem Problem an die Box. Die Mannschaft verliert 12 Runden in der Box bei der Reperatur. Nach 12 Minuten unter Code 60 wird das Rennen wieder aufgenommen.

Etwa zur 2h Marke verliert der in der SP2 lange führende True Racing KTM von Enge & Co eine Antriebswelle, kann aber nach langer Reperatur ins Rennen zurückkehren. Eine Reperaturpause wirft den MRS-Porsche etwa 30 Runden oder fast eine Stunde zurück. Ausritte gibt es für den LMS-Engineering Audi und den #303 Red Camel Seat zu verzeichnen.

Knapp vor der 6h Marke gibt es die zweite Code 60-Flagge des Rennens als der JR Motorsport BMW #103 mit weissen Schwaden, die unter der Motorhaube hervorquellen  in Kurve 5 ausrollt. Das dürfte die Titelhoffnungen in der SP3-Klasse der konkurrierenden Schwestermannschaft deutlich steigern. Auch hier muss eine Ölspur abgestreut werden. Die Top-Teams, einschliesslich des zu diesem Zeitpunkt wieder führenden Peter Kox im Scuderia Praha Ferrari nutzen die Phase für einen taktischen Stop. 

Nach 25 Minuten zum Bergen des Fahrzeugs und Beseitigen der Ölspur geht die Fahrt kurz vor der 6h-Marke wieder im Renntempo weiter.

Die lange Nacht in Brünn beginnt nun mit einer halbstündigen Dämmerungsphase  - bis morgen früh um 7 Uhr werden die Teams die beleuchtung auf der mit Ausnahme der Boxengasse stockfinsteren Strecke in Anspruch nehmen müssen.

Der Stand nach dem ersten Rennviertel zur 6h Marke:

Platz	Nr	Auto	Klasse	Team	Land	Marke	Runden
1	11		A6	Scuderia Praha			155 Rd.
2	963		A6	GRT Grasser Racing Team			100s
3	911		A6	Precote Herberth Motorsport			154 Rd.
4	10		A6	Hofor-Racing			149 Rd.
5	62		991	MSG Motorsport			145 Rd.
6	65		SP2	Porsche Lorient Racing			143 Rd.
7	226		SP3	CCS Racing			142 Rd.
8	444		SP2	RPD Racing			47s
9	125		SP3	NKPP Racing			116s
10	95		SP2	VDS Racing Adventures			118s
11	224		SP3	RTR Projects			119s
12	84		SP2	Speedlover			141 Rd.

Etwa in der 8.ten Rennstunde erwischt es dann den klassenführenden MSG-Porsche - Der 5.plazierte Wagen kommt in die Box und muss eine Reperatur über sich ergehen lassen. Man verliert 6 Runden und fällt auf P7 zurück, behält aber die Klassenführung vor dem HRT-Porsche

Ein erneuter Antriebswellenschaden wirft den True Racing KTM in der 9. Rennstunde weiter zurück. Nach einem 20 minütigen Boxenstop geht der Wagen wieder ins Rennen.

Nach 12 h endet nicht nur die erste Hälfte des Renenns - es werden auch die finalen Punkte der 24h Serie 2016 vergeben. Nach der Verlängerung des Rennens vor einigen Monaten war ausgemacht worden das die Punkte nur nach der ursprünglich vorgesehenen Distanz vergeben werden sollten. Somit geht die volle Punktzahl an die Scuderia Praha. In der Porsche-Cup-Klasse sichert sich MSG Motorsport den Titel. In der SP2 ist es Porsche Lorient Racing

Der Stand nach 12h:

Platz	Nr	Auto	Klasse	Team	Land	Marke	Runden
1	11		A6	Scuderia Praha			321 Rd.
2	963		A6	GRT Grasser Racing Team			319 Rd.
3	911		A6	Precote Herberth Motorsport			318 Rd.
4	10		A6	Hofor-Racing			303 Rd.
5	65		SP2	Porsche Lorient Racing			295 Rd.
6	444		SP2	RPD Racing			294 Rd.
7	224		SP3	RTR Projects			293 Rd.
8	95		SP2	VDS Racing Adventures			60s
9	62		991	MSG Motorsport			291 Rd.
10	73		991	HRT Performance			289 Rd.
11	84		SP2	Speedlover			288 Rd.
12	125		SP3	NKPP Racing			228s

Ab jetzt sind die verbleibenden Teams nur noch aus Ehrgeiz am Rennen unterwegs. Herberth Motorsport und Porsche Lorient Racing ziehen sich aus dem Rennen zurück. Der Rest besteht immerhin noch aus 21 Mannschaften die den Lauf fortsetzen.

Nach 389 Runden endet auch die Fahrt des Grasser-Lamborghinis in der Nacht vorzeitig nach einem Getriebeschaden.

Am frühen Mogen müssen auch die beiden deutschen Teams von HRT Performance und LMS Engineering ihre Autos vorzeitig abstellen.

An der Spitze gelingt dem Scuderia Praha Team mit dem von Pisarik-Král-Kox-Onslow-Cole pilotierten Ferrari F488 eine Wiederholung des Vorjahressieges  - dieses Mal aber mit der doppelten Renndistanz. Es ist das erste Mal das ein Ferrari F488 den Sieg bei einem Rennen der 24h Serie einfährt.

Den zweiten Platz belegt mit  38 Runden Abstand der Hofor Racing Mercedes SLS GT3 von Frankenhout-Heyer-Eggimann-Kroll-Kroll. Die schweizer Truppe hatte hauptsächlich aufgrund der konstanten Teilnahme an der Serie und ihrer soliden Finishs schon vorzeitig den Titel in Barcelona sichern können. Obwohl er nicht die Zielflagge entgegen nimmt reichen 590 Runden für den slovakischen RPD Racing Ferrari F458 Challenge aus um den 3. Platz am Ende einzufahren.

5 Runden fehlen der viertplazierten MSG Motorsport-Porsche-Mannschaft am Ende auf den letzten Podiumsplatz.

Es ist das vorerst letzte Mal das die GT-Wagen in Brünn den Ton angeben. Im kommenden Jahr wird das Rennen als Runde der TCE-Serie nur noch für Tourenwagen zugelassen sein.